Com o objetivo de avaliar os efeitos da inoculação micorrízica e da poda de raízes sobre a parte aérea e sistema radicular do porta-enxerto Marubakaido, obtido in vitro, foi conduzido um estudo em câmara de crescimento. A base das plantas micropropagadas foi imersa em ácido indolbutírico e transferida para substrato à base de solo, a fim de ser enraizada ex vitro.Antes ou após a fase de enraizamento (21 dias), inoculou-se uma mistura de isolados de fungos micorrízicos arbusculares, e um terço das plantas sofreu poda de raízes. Após 51 dias, avaliaram-se colonização micorrízica, altura, massa da parte aérea e raízes, e número e comprimento de raízes de diferentes ordens. A porcentagem de colonização radicular foi maior no tratamento inoculado antes do enraizamento, que também teve os maiores valores de incremento em altura e de produção de biomassa da parte aérea. A poda de raízes causou reduções significativas na colonização micorrízica, no crescimento da parte aérea e no desenvolvimento radicular. O comprimento e a ramificação das raízes foram aumentados pela micorrização e diminuídos pela poda. Em conclusão, a poda de raízes é prejudicial e a inoculação micorrízica, antes do enraizamento, é benéfica para a produção de mudas micropropagadas do porta-enxerto Marubakaido.