Visando a estudar o efeito do substrato na produção de porta-enxertos de limoeiro-Cravo e tangerineira-Cleópatra em tubetes sob ambiente protegido, conduziu-se este trabalho na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal-UNESP. O estudo foi realizado em ambiente coberto com sombrite preto sem proteção lateral, adotando-se delineamento inteiramente casualizado, em esquema fatorial 5x2, 4 repetições e 20 sementes por parcela. Utilizaram-se os substratos húmus de minhoca oriundo de esterco de curral (H%) e vermiculita média (V%), sendo S1=H0 V100; S2=H25 V75; S3=H50 V50; S4=H75 V25 e S5=H100 V0. Avaliaram-se o número de plântulas emergidas, altura das plantas, diâmetro do caule, massas fresca e seca de raiz e parte aérea. Observaram-se resultados estatisticamente significativos para diâmetro do caule, aos 104 e 118 dias após a semeadura (DAS) entre espécies, com superioridade de Cravo em relação a Cleópatra, porém não aos 132 DAS. Não foi constatada diferença significativa entre os substratos. Quanto à massa fresca de parte aérea, nenhuma diferença estatística ocorreu entre as espécies; porém, quanto aos substratos, S3 mostrou-se superior a S1, não diferindo, entretanto, dos demais. Embora a análise estatística não tenha mostrado diferenças significativas entre os tratamentos para os outros parâmetros analisados, S3 destacou-se entre os substratos testados.